Mendeley Analytics – part 2

After breaking into the simple Mendeley Database to obtain the most frequent authors and co-authors I started another attemt to rank the journals by it occurance. The resulting bubble visualisation is not the best reprsentation to quickly grasp the information but it gives you an overview on how focused your literature collection is. In my case I realised the brought span of collected journals. Even the most frequent journals do not count more then 11 articles.

The result can help to fell a decision of the right journal in order to avoid reviewer comments like „Also, you often cited other technology journals, but only cited one source from our journal. You may want to consider submitting to a journal that you cited most often in your paper“.

Bubbles of journals in my mendeley database ranked by the number of articles.

 

By analysing the data I found another prupose to use the database. Due Mendeley does not offer any function to valitdate completness of meta data such a features could be implemented outside of the Desktop application. By BibTex to render the citations I usually get complains about missing attributes.

Next Generation DataViz: Drawing Dynamic Visualizations

Bret Victor bringt in diesem Stanford HCI-Kurs einen schönen Vergleich zwischen den Tools die einem zur Datenvisualisierung zur Verfügung stehen und den Freiheitgraden beim Schreiben von Texten: Wenn man als Wissenschaftler versucht Daten mit Excel zu visualisieren, dann ist das als gäbe es nur Lükentextvorlagen zum Schreiben eines Papers. Schlüssig erläutert Victor die Nachteile der gegenwärtigen Tools zur Datenvisualisierung:

  • Excel & Co: ist in seinem Ausdrucksformen enorm eingeschränkt
  • Zeichenwerkzeuge wie Adobe Illustrator oder Inkscape sind zu umständlich in der Handhabung, wenn man große Datenmengen bearbeiten möchte
  • Programmierung mit R oder D3 ist, als man versucht blind Objekte zu manipulieren („Programming is blindly manipulationg symbols“)

In dem Video führt er die nächste Generation von Werkzeug vor, mit der man Datensätze mit Standardobjekten (Rechteck, Kreis, Punkt, Linie) manipulieren (Skalieren, Drehen, …) kann. Ein wesentliches Feature stellen dynamische Parameter dar, mit denen man beispielsweise den Neigungswinkel einer Gerade von einem Datensatze abhängig machen kann. Desweiteren führt das Snapping als eine Methode ein, um graphische Elemente (dynamisch) miteinander zu verknüpfen.

Ich kann es jedenfalls kaum erwarten bis das Tool bei github erscheint. Bisweilen gibt dort schon ein ähnliches Tool namens livecoding mit dem man immerhin D3-Code in Echtzeit manipulieren kann.

UPDATE: Bret Victor hat schon mal die Dokumentation der Software ins Netzt gestellt.

 

Cinemetric

Cenemetrics visualisiert Daten aus Filmen. Kamerabewegungen, Szenenwechsel und Sprache werden in einem Ringdiagramm abgebildet. Der Kopf hinter dem Design ist der Belgier Frederic Brodbeck. Ansätze zur Visualiserung und Nutzung von Daten aus Filmen wurden am berüchtigten Xerox Park in den vorletzten Jahrzehnten zu Hauf veröffentlicht. Brodbeck fügt nun einiges davon in der Uhr-Metapher zusammen. Mit ebensolchen runden zeitleisten habe ich einst in meiner Diplomarbeit ach experimentiert (Piggy back Circular Timelines). Die Vorzüge liegen vor allem in der Unabhängigkeit von der Schreib-Lese-Richtung. Zeitleisten laufen von links nach rechts, während Nutzer aus dem nahen Osten visuell die zeit rückwärts läuft. Ein weiterer Vorteil besteht in der besseren Abschätzung von Zeitanteilen, wie wir es von Analoguhren her kennen und schätzen.

Den Python Code des Tools gibts bei github.

Beyond Tag Clouds: TagArcs for WordPress Tag Visualization

Tag clouds are very useful to visualize the most frequently used tags on a website, e.g. a blog. This is done by steering attention through emphasized words whose font size, color or position stands out. But nothing can be found out about temporal relation of a tag’s posts. For me this became evidently on my own tag cloud (see left) which still rates ‘Lima‘ at the leading position whereas the related articles are more then three years old.
More unfortunately is the missing relation to other tags. While one tag is really highlighted the user can not figure out anything about related tags who may appear concurrently.
In order to push semantic visualization I am going to introduce TagArcs as meaningful and eye catching way to outline relationships between tags and posts.


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comparativeSpine

Initiiert durch das Institut für unfallchirurgische Forschung und Biomechnaik an der Universität Ulm entstand im Sommersemetser 2006 ein interaktives Tool für die Wirbelsäulenforschung, welches anschaulich den Vergleich von anatomischen und biomechanischen Parametern der Spezies Mensch, Schaf, Kalb, Schwein und Känguru sowohl dreidimensional, als auch in Form von Datengrafiken, Tabellen und Fotos ermöglicht. Der bisherige Prototyp wird derzeit (2009) als Webapplikation optimiert, um u.U. als valide Publikation im Springerverlag zu erscheinen. Ziel des Projekts ist ein leistungsfähiges Werkzeug zur Planung und Begleitung von Wirbelsäulenstudien. In the winter 2006 initialized by the Institut für unfallchirurgische Forschung und Biomechnaik in cooperation with the Institut for media (both at University of Ulm) the projects targets the scientific comparison of human and animal spines. Its an interactive tool for scientific and medical spine studies which enables detailed comparison of anatomic and bio-mechanic parameters inclusive 3D visualization of single spines.

Gesatlterische Dokumentation (Katrin Dietrich, Anne Wilzek, Johannes Speckmann, Niels Seidel)

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